総務部

• 総務課
• 総合防災課
• 財政課
• 契約検査課
• 税務課

企画部

• 総合政策課
• 移住定住推進課
• 市民活力推進課
• 地域情報課

市民福祉部

• 福祉課
• 子育て支援課
• 長寿いきがい課
• 健康づくり課
• 市民保険課

環境産業部

• 環境衛生課
• 商工労働課
• エネルギー産業政策課
• 観光振興課

農林水産部

• 農業振興課
• 林業木材振興課
• ねぎ課

都市整備部

• 都市整備課
• 道路河川課
• 水道課
• 下水道課

二ツ井地域局

• 総務企画課
• 市民福祉課
• 環境産業課
• 建設課

会計課

• 出納係
• 審査係

議会事務局

• 庶務係
• 議事調査係

選挙管理委員会事務局

• 選挙係

監査委員事務局

• 　監査係

農業委員会事務局

• 農地係

教育委員会事務局（教育部）

• 教育長、教育委員の紹介について

• 教育総務課
• 能代教育事務所
• 学校教育課
• 生涯学習・スポーツ振興課